Antes de realizar estas modificações, tenha certeza que você possui um login de usuário limitado, admin ou qualquer outro username, pois sem ele você perderá o acesso ao seu servidor!

* * use este artigo por sua conta e risco, não faça testes em um servidor em uso * *

1. Faça o login no seu servidor pelo SSH como root 

2. Abra o arquivo sshd_config para edição:
  
vi  /etc/ssh/sshd_config

3. Encontre a linha
 
Protocol 2, 1

4. Altere este linha, retirando o protocolo 1, ela ficará assim:

Protocol 2

5. A seguir encontre a linha:
 
PermitRootLogin yes

6. Altere esta linha para:
 
PermitRootLogin no

7. Salve as alterações

8. Reinicie o  SSH:
 
/etc/rc.d/init.d/sshd restart

Agora, não será mais possível fazer login direto de root em seu servidor, você deverá fazer o login como usuário limitado e depois ganhar acesso de root digitando su